统计碱基构成的R语言小措施Rjuan 1.0
其实有许多专业的生物学软件都有统计碱基构成的成果，我们这里提供一段R语言代码，可以做最近本的碱基计数成果，并但愿在此基本上不绝的完善开拓出更多的成果。我们这里把这个小措施定名为Rjuan 1.0
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x=”AAACTGGA” |
把碱基序列转换成字符向量名目 |
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x [1] “AAACTGGA” |
查察x |
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z=substring(x,1:8,1:8) |
以字母为单元，支解字符串 |
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z [1] “A” “A” “A” “C” “T” “G” “G” “A” |
查察支解之后字符串向量z |
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na=0 |
碱基A计数器清零 |
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nt=0 |
碱基T计数器清零 |
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ng=0 |
碱基G计数器清零 |
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nc=0 |
碱基C计数器清零 |
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for (i in 1:length(z)) { + if(z[i]==”A”) + na=na+1 + else if(z[i]==”T”) + nt=nt+1 + else if(z[i]==”G”) + ng=ng+1 + else if(z[i]==”C”) + nc=nc+1 + } |
别离统计A,T,G,C含量，并存储在na，nt，ng，nc中 |
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na [1] 4 |
A的含量 |
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nt [1] 1 |
T的含量 |
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ng [1] 2 |
G的含量 |
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nc [1] 1 |
C的含量 |
