R语言中S4类工具的输出要领
在利用生物信息学R应用包Bioconductor时经常会碰着返回功效是“S4”类要领工具。这种工具一般不能直接利用诸如“write”、“write.table”、“write.csv”等输出函数输出。譬喻我们在利用个中的Biostrings包时就碰着了雷同的问题，代码及相关功效、备注如下表所示
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rm(list = ls()) |
#清空节制台所有向量 |
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setwd(“D:/ziliao/zhuanye/R bear/R code”) |
#配置事情目次 |
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library(Biostrings) |
#挪用措施包 |
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aa <- AAString(“LANDEECQW”) |
#将一个字符向量转化成氨基酸序列aa |
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typeof(aa) |
#查察aa范例 |
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[1] “S4” |
#aa为S4要领范例 |
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write(aa,”chuana.txt”) |
#实验将aa输出到文件chuana.txt中 |
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错误于cat(list(…), file, sep, fill, labels, append) : cat今朝还不能处理惩罚1(种类为’S4′)参数 |
#错误信息表白不能输出 |
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aa=as.character(aa) |
#将aa转化为字符向量 |
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write(aa,”chuana.txt”) |
#再次输出，乐成 |
